Das Werk und die Korrespondenz von Sigmund Freud werden getrennt in einem Werkverzeichnis und einem Briefverzeichnis erfasst. 

In das Verzeichnis der Werke werden sowohl die zu Lebzeiten Freud publizierten Werke aufgenommen, als auch die Schriften aus dem Nachlass und die Miszellen, die bislang nicht oder erst posthum veröffentlicht wurden. 

Den Signaturen liegt ein spezifischer Werkbegriff zugrundewie er in den Functional Requirements for Bibliographic Recording (FRBR)* definiert wird und von vier Entitäten Werk, Expression, Manifestation und Exemplar (work, expression, manifestation, item) ausgeht. 
Für das System der Signaturen sind die Entitäten Werk und Manifestation relevant. Ein Werk wird hier als abstrakte Entität aufgefasst, also als eine einheitliche, intellektuelle (oder künstlerische) Schöpfung, die in seiner physischen Verkörperung in mehreren Manifestationen vorliegen kann. 

A. WERKE

Werksignatur
Jedes Werk ist mit einer Signatur versehen. 
Leitend dafür ist bei den von Freud zur Publikation gebrachten Werke das Jahr der Erstpublikation und bei den zu Freuds Lebzeiten nicht veröffentlichten Werken das Jahr der Niederschrift. 
Um die Werke innerhalb eines Jahres zu ordnen, wurden Werkkategorien* eingeführt, die über ein numerischen Zusatz charakterisiert sind. Die Reihung der Werke innerhalb einer Werkkategorie versucht bei der Reihung eine gewisse Chronoligie einzuhalten, was aber nur bedingt gelingt.  

›1911-001‹ bezeichnet Freuds Werk ›Formulierungen über die zwei Prinzipien des Psychischen Geschehens‹, erstveröffentlicht 1911. Der Zusatz 001 verweist darauf, dass dieses Werk der Kategorie "wissenschaftliches Werk" zugeordnet ist und (wahrscheinlich) als erstes Werk dieser Kategorie in diesem Jahr erschienen ist. 
›1922-101‹ bezeichnet Freuds Werk ›Das Medusenhaupt‹, das 1922 vom Autor zu Papier gebracht, aber erst postum publiziert wurde. Der Zusatz 101 verweist darauf, dass dieses Werk der Kategorie "Manuskript" (Schriften aus dem Nachlass) wissenschaftliches Werk zugeordnet ist und (wahrscheinlich) als erstes Werk dieser Kategorie in diesem Jahr erschienen ist. 

(*Siehe dazu: Sigmund Freud Edition. Übersicht zu Werk und Korrespondenz)

Signatur der Werk-Manifestationen
Eine Werkmanifestation generiert sich aus der Werksignatur und dem Erscheinungsjahr der entsprechenden Manifestation.Finden sich in diesem Jahr mehrere Werkmanifestationen, sind diese – getrennt durch einen Punkt – nummeriert. 

›1920-004/1925‹ bezeichnet das Werk ›Jenseits des Lustprinzips‹ in der Fassung der Gesammelten Schriften, Band 6, der 1925 erschienen ist. 

Referenzierung: ›1920-004/1925:192‹ bezeichnet die Seite 192 von ›Jenseits des Lustprinzips‹, in der Fassung der Gesammelten Schriften, Band 6, der 1925 erschienen ist. 

Signatur des Textes der Sigmund Freud Edition

Im Rahmen der historisch textkritischen Erschließung eines Werkes wird eine neue Textfassung konstituiert, die in der Regel auf der Fassung letzter Hand basiert und sich von dieser nur in einigen ausgewiesenen Details von dieser unterscheidet. Der wesentliche Unterschied besteht darin, dass dieser Text ein Fließtext ist, also die Zeilen- und Seitenumbrüche aufgehoben sind. Die Absatzformatierung bliebt bestehen und dient als Orientierung für die Referenzierung. Die Signaturen der konstituierten Texte setzen sich aus der Werksignatur und einem "F" zusammen. Darin kommt zum Ausdruck, dass diese Editio nicht eine neue Ausgabe ist, sondern in ihr über den Variantenapparat alle Werkmanifestation Berücksichtigung finden. 

›1920-004F‹ bezeichnet den im Rahmen des Erschließungsprozeses der FE konstituierten Text des Werkes ›Jenseits des Lustprinzips‹, der auf der Ausgabe letzter Hand beruht und dem über en Variantenapparat das Ergebnis der Kollationierung aller historischen Überlieferungsträger angegliedert ist. 

Referenzierung: ›1920-004F:24‹ bezeichnet den Absatz 24 der im Rahmen der FE konstituierten Manifestation von ›Jenseits des Lustprinzips‹. 

Sonderfälle
Doppelsignaturen: Die (Teil-)Manifestation eines Werkes oder Briefes kann zugleich auch die (Teil-)Manifestation eines zweiten Werkes sein, etwas wenn in einem Brief oder einem Protokoll eine erste Manifestation (Zusammenfassung des Inhaltes) eines Werkes zum Ausdruck kommt oder doch zumindest Erwähnung findet. 
Nun hat der Brief eine Signatur, die sich von der zugehörigen Korrespondenz ableitet und das Briefdatum enthält. 
Eine Werkmanifestation wiederum würde von der Signatur des Werkes ausgehen und als Zusatz das Jahr der Niederschrift/Publikation dieser Manifestation erhalten. 
Um das anzuzeigen führen wir in diesen Fällen Signaturen, wobei die beiden Signaturen durch einen doppelten Schrägstrich voneinander getrennt geführt sind. 
Verweise (Konkordanz mit M-P/FH)
In jenen Fällen, in denen nach dem Werkverständnis ein Eintrag bei M-P/F/H nicht auf ein Werk im Sinne des Werkverständnisses der FE verweist sonder auf eine Werkmanifestation, wird dies im Werkverzeichnis jeweils am Ende eines Jahrganges dadurch angezeigt, dass in der Spalte der Signatur bei M-P/F/H diese angeführt wird, in der Spalte der FE-Signatur  mittels eines Pfeiles auf die Signatur des Werkes verwiesen wird, in dessen Rahmen sich die entsprechende Manifestation findet. 

B. Korrespondenzen

Signaturen der Korrespondenzen
Die Signaturen der Korrespondenzen generieren sich aus den Namen (Namenskürzel) von Sigmund Freud und derjenigen, mit denen er korrespondierte, nach einem Schrägstrich folgt der Zeitraum, ausgedrückt in Jahren, in dem diese Korrespondenz stattfand.

›F-EE/1895-1910‹ bezeichnet die Korrespondenz von Sigmund Freud mit Emma Eckstein.
F-BAA/1908-1939‹ bezeichnet die Korrespondenz zwischen Sigmund Freud und Abraham Arden Brill.

Signaturen der einzelnen Briefe
Geordnet nach Korrespondenzen generieren sich die Signaturen für die einzelnen Briefe aus den Namen (Namenskürzel) der Autor:innen und Adressat:innen des Breifes, nach einem Schrägstrich folgt das Datum des Briefes:

›F-EE/1902-01-16‹ bezeichnet den Brief von Freud an Emma Eckstein vom 16. Jänner 1902. 
›BAA-F/1908-10-23‹ steht für das Schreiben von Abraham Arden Brill an Freud vom 23. Oktober 1908. 

Referenz: ›F-EE/1902-01-16‹:2 bezeichnet die zweite Seite des Briefes von Sigmund Freud an Emma Eckstein vom 16.1.1902.

C. Konkordanz

Die Signaturen der Sigmund Freud Edition (FE) unterscheiden sich sowohl von dem von Christfried Tögel entwickelten Signaturen für die Sigmund Freud Gesamtausgabe (SFG), in der nur die von Freud selbst zur Publikation bestimmten Werke in der Fassung der Erstausgabe aufgenommen sind. Ordnendes Kriterium ist das Jahr der Erstpublikation, innerhalb eines Jahres sind die Werke mit einem zweistelligen numerische Zusatz versehen, der nach Möglichkeit eine chronologische Reihung anzeigt. .
Die Signaturen der FE unterschieden sich auch von jenen der Werkbibliografie, wie sie von Richards für die Standar Edition (SE) ursprünglich erstellt und  dann von Meyer-Palmedo, Fichtner bis 1999 fortgeführt und von Hirschmüller bis 2104 (M-P/F/H) aktualisiert wurden. Dieses Verzeichnis sucht nicht alle bis 2014 publizierten Werke und sondern auch einzelne Briefe wie ganze Korrespondenzen aufzunehmen. Ordnendes Kriterium ist das Jahr der Erstpublikation, innerhalb eines Jahres ermöglichen Kleinbuchstaben als Zusatz zum Erscheinungsjahr eine Einordnung.